Artículo 49. Las autoridades educativas respetarán el régimen jurídico de las universidades a las que la ley les otorga autonomía, en los términos establecidos en la fracción VII del artículo 3o. de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, lo que implica, entre otros, reconocer su facultad para ejercer la libertad de cátedra e investigación, crear su propio marco normativo, la libertad para elegir sus autoridades, gobernarse a sí mismas, y administrar su patrimonio y recursos.

La Secretaría propondrá directrices generales para la educación superior y acordará los mecanismos de coordinación pertinentes con las instituciones públicas de educación superior, incluyendo a aquellas que la ley les otorga autonomía, conforme a lo previsto en esta Ley y lo establecido en la Ley General de Educación Superior.