Artículo 126.- La administración del CENACE está a cargo de un Consejo de Administración y de una Dirección General. La dirección y visión estratégica del CENACE está a cargo de su Consejo de Administración, mismo que debe contar con al menos una tercera parte de personas consejeras independientes.
La gestión, operación y ejecución de las funciones del CENACE está a cargo, exclusivamente, de la Dirección General, para lo cual goza de autonomía.
En los comités consultivos que, en su caso, cree el Consejo de Administración deben participar personas representantes del sector eléctrico.