Artículo 49. Las autoridades educativas respetarán el régimen jurídico de las universidades a las que la ley les otorga autonomía, en los términos establecidos en la fracción VII del artículo . de la , lo que implica, entre otros, reconocer su facultad para ejercer la libertad de cátedra e investigación, crear su propio marco normativo, la libertad para elegir sus autoridades, gobernarse a sí mismas, y administrar su patrimonio y recursos.
La Secretaría propondrá directrices generales para la educación superior y acordará los mecanismos de coordinación pertinentes con las instituciones públicas de educación superior, incluyendo a aquellas que la ley les otorga autonomía, conforme a lo previsto en y lo establecido en la .